Sólo restaron unos días para que Puebla consiguiera su primer refuerzo de cara al torneo Clausura 2023, tras concretar las negociaciones con Atlético de San Luis presentaron de manera oficial a Facundo Waller:
Al no entrar en el esquema de André Jardiné el mediocampista uruguayo fue contactado por la Franja para sumarse al equipo y tras una oferta cercana a los 4 millones de dólares, el conjunto potosino decidió venderlo.
De esta manera, Facundo Waller defenderá su tercera camiseta dentro del fútbol mexicano, recordando que en 2020 llegó para jugar con Pumas, proveniente de Plaza Colonia, en calidad de préstamo.
Posteriormente, San Luis conseguiría comprar la carta del charrúa disputando un total de 49 partidos donde consiguió 4 anotaciones y 4 asistencias.